Namun, sejarah pembangunan jembatan ini tidak mudah. Ide pembangunan pertama kali dicetuskan pada tahun 1960-an oleh Prof. Dr. Sedyatmo, seorang insinyur sipil yang juga dikenal dengan penemuan sistem Cakar Ayam.

Pada awalnya, Presiden Soeharto menyetujui proyek tersebut, namun pembangunannya terhenti setelah Sedyatmo meninggal dunia pada tahun 1984. Proyek sempat terhenti selama bertahun-tahun, terutama karena krisis moneter 1997-1998.

Dilansir dari inilah.com, Pada tahun 2000, Pemerintah Provinsi Jawa Timur meminta agar proyek ini dilanjutkan, dan pada Agustus 2003, Presiden Megawati Soekarnoputri memutuskan untuk melanjutkannya. Pembangunan berlangsung selama enam tahun, menghabiskan biaya lebih dari Rp4,5 triliun.