Benteng yang semula dibangun dengan arsitektur lokal tersebut kemudian diubah menjadi bergaya Belanda dan berfungsi sebagai markas pertahanan, pusat perdagangan, kediaman pejabat tinggi, serta pusat pemerintahan VOC di Makassar.

Meski namanya mencerminkan pengaruh Belanda, Benteng Fort Rotterdam sesungguhnya merupakan warisan dari Kesultanan Gowa yang telah dibangun jauh sebelum kedatangan Belanda di Nusantara.

Benteng ini memiliki lima bastion atau pos penjagaan di setiap sudutnya, yang dinamai sesuai dengan wilayah-wilayah penting: Bone, Bacan, Buton, Mandarasyah, dan Amboina.