Rumah-rumah tradisional berbentuk kerucut yang tersebar di perbukitan, dikelilingi oleh rangkaian pegunungan dan hamparan hutan hijau, semakin menguatkan gelar "kota kecil tercantik di dunia" yang diberikan oleh The Spector Index kepada Wae Rebo.

Rumah-rumah di Wae Rebo, yang disebut Mbaru Niang, memiliki struktur khas dengan lima tingkat, masing-masing dirancang untuk berbagai keperluan, mulai dari tempat tinggal hingga penyimpanan makanan dan barang, serta sebagai tempat untuk melakukan persembahan kepada leluhur.

Desa ini juga terkenal dengan bangunan komunitasnya yang digunakan sebagai lokasi untuk upacara dan ritual yang melibatkan seluruh masyarakat.