Wilayah tersebut kemudian dinamakan Pagongan, yang dipimpin oleh R. Dewa Katong, yakni saudara Raja Brawijaya. Tidak lama setelahnya, R. Dewa Katong pindah ke Desa Katongan, 10 km utara Pongangan. Puteranya yang bernama R. Suromejo adalah yang membangun Desa Pongangan, sehingga kedua desa tersebut semakin lama semakin ramai.
Namun sama dengan sang ayah, R. Suromejo pun pindah ke desa lain yakni, Karangmojo. Munculnya berbagai desa yang ada di bagian selatan Pegunungan Sewu itu, didengar oleh Raja Mataram, Sunan Amangkurat Amral yang berkedudukan di Kartosuro. Kemudian ia mengutus Senopati Ki Tumenggung Prawiro Pekso agar membuktikan kebenaran berita tersebut.
Setelah dinyatakan kebenarannya, Tumenggung Prawiro Pekso pun menasehati R. Sumarejo agar meminta izin kepada Raja Mataram, karena wilayah yang dijadikan desanya itu masuk ke dalam Kerajaan Mataram.
R. Suromejo pun tidak mau, dan akhirnya terjadi peperangan antara warga desa wilayah sekitar Pegunungan Sewu, dan pasukan Kerajaan Mataram. Peperangan tersebut menyebabkan R. Suromejo tewas. Anak R. Suromejo yang bernama Ki Pontjodirjo akhirnya menyerahkan diri kepada Kerajaan Mataram. Oleh Pangeran Sambernyowo, ia pun kemudian diangkat menjadi Bupati Gunungkidul pertama.
