Namun pada masa pemerintahan Rakai Walaing Pu Kumbhayoni, tempat ini difungsikan menjadi keraton. Rakai Walaing Pu Kumbhayoni ini merupakan seorang yang beragama Hindu, sehingga pada perkembangannya Candi Ratu Boko memiliki perpaduan corak agama Hindu dan Buddha.
Candi Ratu Boko memiliki lima bagian bangunan yang terbagi dalam titik lokasi yang berbeda-beda, namun tidak terlalu jauh.
Di sini ada lima tempat, yang pertama pintu gerbang sebelah kirinya ada candi pembakaran, masuk lagi pendopo, terus keputren, paseban, goa. Dalamnya masih ada kolam.
Saat masuk ke kawasan Keraton Ratu Boko, traveler akan diarahkan ke area parkir, lalu berjalan sedikit hingga sampai naik ke tangga yang cukup tinggi. Sampai di atas traveler akan menemukan halaman luas yang ditanami pohon dan bunga-bunga.
