4. Keraton Kasunanan Surakarta
Peninggalan Kerajaan Mataram Islam di Surakarta adalah Keraton Kasunanan Surakarta. Keraton ini dibangun pada tahun 1745. Keraton yang kini juga beralih fungsi menjadi sebuah museum ini memiliki pusaka-pusaka kerajaan, barang-barang antik, dan senjata kuno peninggalan masa lalu.
Pada halaman depan keraton, terdapat sebuah menara yang diberi nama Panggung Sanggabuwana yang dipercaya sebagai tempat bertemunya raja dan Ratu Selatan.
5. Masjid Kotagede
Sebagai bekas ibu kota Mataram Islam, Kotagede juga memiliki sebuah masjid agung yang terletak di sebelah selatan Pasar Kotagede, Yogyakarta. Meskipun tidak diketahui secara pasti kapan pembangunan masjid tersebut, namun diyakini bahwa Masjid Kotagede dibangun pada masa pemerintahan Kiai Ageng Mataram.
Masjid Kotagede juga memiliki cerita legenda yaitu sebuah bedug ajaib yang tidak bisa diangkat oleh siapapun. Sampai sekarang, masjid Kotagede masih digunakan oleh masyarakat untuk beribadah.