1. Keraton Kesultanan Yogyakarta
Peninggalan kerajaan Mataram Islam pertama adalah Keraton Kasultanan Yogyakarta. Tempat ini adalah tempat tinggal raja Jogja, Sri Sultan Hamengkubuwono X yang sekaligus menjabat sebagai Gubernur DIY. Bangunan ini dibangun pada tahun 1755 dan di depannya terdapat alun-alun dan masjid di sebelah baratnya.
2. Kompleks Makam Imogiri
Salah satu bukti eksistensi sebuah kerajaan adalah adanya kompleks pemakaman raja. Pada kerajaan Mataram Islam salah satu komplek pemakaman raja adalah makam di Imogiri. Di sini, dimakamkan juga raja terbesar Mataram Islam yaitu Sultan Agung pada 1632.
Kompleks makam Imogiri terletak di Dusun Pajimatan, Girirejo, Imogiri, Bantul, DIY. Tepatnya berada di bukit Merak yang dinamakan sebagai Pajimatan Imogiri.
3. Masjid Agung Gedhe Kauman
Mataram Islam adalah kerajaan Jawa yang bercorak Islam. Maka masjid adalah bangunan yang wajib ada di sekitar keraton. Masjid Gedhe Kauman berlokasi di area barat Alun-Alun Utara Yogyakarta. Tepatnya di Kampung Kauman, Kecamatan Gondomanan, Kota Yogyakarta.
Masjid ini merupakan peninggalan Sri Sultan Hamengkubuwono I yang dibangun pada tahun 1773. bangunan ini memiliki satu gedung induk dan halaman yang digunakan untuk meletakkan gong.
