Cikal bakal keraton hadir di Gedong Proboyekso (tempat pusaka). Tiang penyangga Gedong Proboyokso dari kayu jati Hutan Beringin itu dinamai Kyai Jegot. Sebelum menetapkan lokasi keraton, HB I bertapa di istana sementara di Ambarketawang.
“Ada wahyu yang saat itu dikejar dan wahyu itu berhenti di Hutan Beringin,” ujar Yudhaningrat, Kepala Bidang Sejarah dan Kepurbakalaan Dinas Kebudayaan DIY.
Lokasi keraton kemudian menyerap konsep mandala dalam Hindu. Integrasi itu diwadahi dalam satu pusat (punjering jagad), yaitu Keraton Ngayogyakarta. Meskipun memeluk Islam, warisan Hindu tetap terpelihara.
Misalnya saat pintu untuk wisatawan Keraton dibuka, Kalamakara (penjaga waktu dalam tradisi Hindu) menjulurkan lidah menyambut. Ini dipercaya sebagai penolak bala dari kekuatan jahat yang akan masuk keraton.