Letak Borobudur yang tak biasa, berada di atas bukit, dikelilingi dua pasang gunung kembar, Sindoro-Sumbing dan Merbabu-Merapi. Padahal candi lain dibangun di tanah datar juga menjadi teka-teki yang belum terjawab.

Pada tahun 1931, seniman dan pakar arsitektur Hindu Buddha, W.O.J Nieuwenkamp mengajukan sebuah teori bahwa dataran Kedu--lokasi Borobudur berdasarkan legenda Jawa--dahulunya adalah sebuah danau purba.

Borobudur dibangun melambangkan bunga teratai yang mengapung di atas permukaan danau. Ini menjadi sebuah hipotesis yang disambut perdebatan hangat oleh kalangan para ilmuwan saat itu.

Dalam bukunya Fiet Borobudur Meer (Danau Borobudur), Nieuwenkamp beranggapan desain arsitektur Candi Borobudur pada dasarnya merupakan representasi dari bentuk bunga padma (lotus), simbol kesucian dalam Buddhisme.