Meski sedemikian unik, spesies asli Indonesia ini terus mengalami penurunan populasi. Adapun ancaman kehidupan rusa Bawean berasal dari semakin berkurangnya habitat alami karena alih fungsi hutan, semak-semak dalam hutan berkurang, sumber makanan yang juga ikut berkurang.

Pada tahun 2008, peneliti LIPI menyatakan jumlah rusa Bawean sekitar 400-600 ekor. Kemudian berdasarkan data Balai Besar Konservasi Sumber Alam Provinsi Jawa Timur, populasinya mengalami penurunan dari 325 ekor pada tahun 2015 menjadi 303 ekor pada tahun 2016.

Pihak International Union for Conservation of Nature (IUCN) menyatakan bahwa hewan endemik ini diperkirakan berjumlah 250-300 ekor di habitat aslinya. Karena itu, rusa ini telah masuk kategori Red List sebagai hewan yang kritis atau CR (Critiscally Endangered). Sedangkan oleh Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora (CITES) dikategorikan sebagai Appendix I atau dilarang dalam segala bentuk perdagangan internasional. (int)