Selama hidupnya, beliau juga menyaksikan dan berperan dalam peristiwa-peristiwa besar dalam NU, seperti Muktamar ke-27 PBNU di Situbondo yang mengukuhkan kembali komitmen NU pada Pancasila sebagai azas tunggal.
Di usia senjanya, KH M. Zen Syukri mendirikan Pondok Pesantren Muqimus Sunnah pada 29 Desember 2008, yang menjadi tempat bagi umat untuk menimba ilmu agama. Namun, pada 22 Maret 2012, dunia dakwah kehilangan seorang sosok besar ketika KH M. Zen Syukri menghembuskan nafas terakhirnya di rumah sakit, dikelilingi oleh para murid dan keluarga.
Kata-Kata Terakhir Sebelum wafat, beliau meminta muridnya untuk membaca Al-Quran. “Bacakan Al-Quran untuk saya,” ujarnya. Ketika bacaan sampai pada ayat 156 Surah al-Baqarah, nafas terakhir beliau pun terhembus.
Kepergian KH M. Zen Syukri meninggalkan kekosongan besar, namun warisan dakwah dan perjuangannya tetap hidup di hati umat. Iringan jenazah beliau yang besar, yang menjadi salah satu yang terbesar dalam sejarah Kota Palembang, adalah bukti nyata betapa besar cinta masyarakat kepada sosok yang dicintai umat ini.
Kini, Pondok Pesantren Muqimus Sunnah menjadi saksi bisu perjalanan panjang seorang ulama yang tidak hanya mencintai umat, tapi juga menjadi teladan bagi mereka yang ingin menimba ilmu dan mengabdi kepada agama. Selamat jalan, Aba Zen. Semoga perjuanganmu terus menginspirasi generasi mendatang. (ivan)