Tidak hanya itu, bersama dengan Nurcholish Madjid atau Cak Nur, Anwar mendirikan Persatuan Pelajar Islam Asia Tenggara. Jabatan ketua dipegang oleh Cak Nur. Sementara itu, Anwar memegang posisi Sekretaris Jenderal (Sekjen).

Anwar ternyata juga sangat dekat dengan Presiden ke-3 RI, BJ Habibie. Pada masa di mana Anwar menghadapi banyak tuntutan hingga dipenjara, Habibie menjadi sosok bersahaja yang mendukungnya.

Hubungan keduanya sangat erat. Anwar bahkan menganggap Habibie sebagai kakaknya. Saat Anwar mendekam di penjara, Habibie pernah menyurati otoritas Malaysia. Pesan tersebut berisi, “Tolong jangan apa-apakan adik saya”.

Pada tahun 2015, Anwar juga pernah menginap di kediaman Habibie di Jakarta. Saat itu, lelaki yang dijuluki Mr. Crack ini meminta Anwar untuk tidak pulang ke negaranya.

“Februari, 2015. Saat itu satu hari sebelum saya divonis, saya sempat menginap. Saya di sini salat Jumat, dan ikut sarapan bersama beliau. Dia bilang ke saya: Anwar, jangan pulang, kalau kamu pulang, kamu dipenjara,” kenangnya saat di Jakarta setelah bertakziah wafatnya Habibie pada 2019 silam.