Beliau ketika mengajarkan kitab yang belum benar-benar lengkap maknanya dan tanda ikrobnya serta catatan pinggir lainnya, maka biasanya beliau melakukan "muqobalah" dengan kitab yang lebih lengkap. Kiai Basyir memiliki rujukan kiai-kiai bersanad yang coretan makna kitabnya lengkap. Salah satunya adalah Kiai Ishaq. Menurut beliau bahwa Kiai Ishaq memiliki catatan kitab yang lengkap dari Kiai Muslih.

Oleh sebab itu, Kiai Basyir banyak melakukan muqobalah saat mengajar dan mengaji dengan kitab-kitab milik Kiai Ishaq. Menurut beliau, praktik semacam ini adalah menjadi ciri khas murid-murid Kiai Muslih. Jadi, sekalipun kita pernah belajar suatu kitab dan paham bahasa Arab akan tetapi ada beberapa baris kitab --apalagi banyak halaman yang belum dimaknai, maka kita harus muqobalah dengan kitab yang sama dan lebih lengkap sesuai sanad ilmu.

Beliau secara pribadi pernah bercerita kepada saya, bahwa bertahun-tahun kitab Tafsir Jalalain yang beliau hasilkan dari ngaji dengan Kiai Muslih terselip hilang dan lupa dipinjam siapa. Menurut beliau karena sewaktu dipinjam masih sama-sama menjadi santri Kiai Muslih. Beberapa tahun kemudian, Kiai Baidhowi Brabu Karangawen datang ke kediaman beliau untuk mengembalikan kitab Tafsir Jalalain.