Setelah berhasil mengIslamkan daerah Madura dan Nusa Tenggara yang masyarakatnya semula kental suasana Budha dan Hindhu, Sunan Gisik diminta kembali ke Gresik. Pada 9 April 1419 Syekh Maulana Malik Ibrahim Wafat, beliau menggatikan peran Syekh Maulana Malik Ibrahim sebagai imam penyebaran Islam di Gresik. Beliau berdakwah di Gresik mendapat beberapa sebutan yakni “Raja Pandhita Wunut” serta sebutan yang sangat melekat dan banyak dikenal masyarakat adalah “Raden Santri”.
Sunan Gisik menikah dengan Rara Siti Taltun atau RA. Madu Retno binti Aryo Baribin dan mempunyai 4 anak bernama Usman Haji (Sunan Ngudung), Haji Usman, Nyai Gede Tundo, dan Ali Musytar. selanjutnya Usman Haji setelah dewasa meminang putri Tumenggung Wilwatikta dan mempunyai anak bernama Amir Haji atau Dja’far Sodiq atau (Sunan Kudus), dan Dewi Sujinah. Haji Usman menikah dengan Siti Syari’at mempunyai anak bernama Amir Haji atau Dja’far Sodiq atau (Sunan Kudus), dan Dewi Sujinah. Haji Usman menikah dengan Siti Syari’at mempunyai anak bernama Amir Hasan (Sunan Manyuran). Sedangkan Nyai Gede Tundo menikah dengan Kholifah Husain (Sunan Kertoyoso) mempunyai anak Kholifah Suhuroh. Selain Rara Siti Taltun, Raden Santri juga menikah dengan Dyah Retno Maningjum Binti Arya Tejo.
Sunan Gisik wafat pada tahun 1317 Saka/1449 M atau bertepatan dengan 15 Muharam abad ke-8 Hijriyah. Haul beliau diperingati setiap tanggal 15 Muharram. Beliau dimakamkan di Desa Bedilan, Kecamatan Gresik, Kabupaten Gresik. Makam beliau hanya berjarak 100 M utara Alon-alon Gresik, atau hanya berjarak 200 M utara makam Syekh Maulana Malik Ibrahim.
