Pada Kabinet berikutnya, KH. Masjkur kembali terpilih menjadi Menteri Agama. Pada Kabinet ini, KH. Masjkur memberlakukan peraturan bahwa perkara perdata di kalangan umat Islam diperiksa dan diputus oleh Pengadilan Agama.

Pada periode ini pula, KH. Masjkur, atas perintah Bung Hatta, membentuk misi haji ke Saudi. Dengan misi ini, dunia internasional menjadi tahu bahwa ada negara baru bernama Republik Indonesia yang telah merdeka, dan mayoritas penduduknya beragama Islam.

Jadi, KH Masykur menjabat sebagai Menteri Agama RI pada empat periode, yaitu: Kabinet Amir Syarifuddin II (11 November 1947 sampai 29 Januari 1948), Kabinet Hatta I (29 Januari 1948 sampai 4 Agustus 1949), Kabinet Hatta II (4 Agustus 1949 sampai 20 Desember 1949), dan Kabinet Ali Sastroamijoyo (30 Juli 1953 sampai 12 Agustus 1955)

KH. Masjkur lahir di Singosari, 30 Desember 1904. Ia dibesarkan di lingkungan Islam yang taat. Pada usia 9 tahun, ia telah menunaikan Ibadah Haji.