Mereka juga membangun Benteng Inong Balee di sebuah perbukitan tak jauh dari pesisir Teluk Lamreh, Krueng Raya, Kecamatan Mesjid Raya, Kabupaten Aceh Besar. Tempat perlindungan pertama yang seluruhnya dibangun oleh kaum hawa tersebut memiliki tinggi tembok sekitar 100 meter dan cukup aman untuk menahan serangan musuh.
Benteng tersebut menjadi koloni pasukan Malahayati sekaligus pusat pelatihan tempur Inong Balee. Pasukan Malahayati juga menjalankan misi khusus yakni mengamankan jalur laut perdagangan kesultanan serta mengawasi pelabuhan-pelabuhan samudra Aceh kala itu.
Sampai akhirnya pada 21 Juni 1599, dua kapal Belanda, de Leeuw dan de Leeuwin berisi pasukan perang dipimpin dua bersaudara, Cornelis dan Frederik de Houtman ingin bersandar di pelabuhan Aceh Besar. Bumi Serambi Makkah itu menjadi tujuan kesekian dari dua bersaudara de Houtman setelah sebelumnya menyinggahi Banten, Madura, sampai ke Bali untuk berburu rempah-rempah.
Hanya saja, mereka selalu menemui perlawanan masyarakat setempat karena tabiat pasukan de Houtman bersaudara yang tak disukai. Hal serupa juga dialami saat mencapai Aceh Besar. Mereka tertahan di atas kapal di tengah laut karena tak dapat izin dari Sultan.
