Oleh Sultan Riayat Syah, ia pun diberi pangkat laksamana dan menjadi perempuan pertama di dunia kala itu yang menyandangnya seperti dikutip dari buku Perempuan Keumala. Sebuah rencana besar pun diungkapkan Malahayati kepada Sultan. Dirinya mengaku ingin membangun sebuah armada tempur laut yang seluruh prajuritnya adalah perempuan.
Ia menamakan pasukan elite tersebut dengan Inong Balee atau prajurit perempuan yang berstatus janda. Jumlahnya pun tak main-main, mencapai 2.000 orang. Mereka seluruhnya adalah para janda dari prajurit yang gugur kala bertempur melawan Portugis. Berbekal kemampuan yang didapat ketika menimba ilmu di Mahad Baitul Maqdis, Malahayati melatih Inong Balee menjadi pasukan tempur yang disegani.
Apalagi kala belajar di Mahad Baitul Maqdis, Malahayati ditempa oleh instruktur-instruktur perang tangguh dari Turki, seperti ditulis dalam Malahayati: Srikandi dari Aceh. Sultan Aceh kemudian mendaulatnya sebagai panglima armada laut alias laksamana dan merupakan perempuan pertama di dunia yang menyandang jabatan itu. Sultan juga membekali pasukan Inong Balee dengan 100 unit kapal perang ukuran besar berkapasitas masing-masing 400 pasukan.
Pasukan Inong Balee mulai dilibatkan dalam beberapa peperangan melawan Portugis dan Belanda. Wilayah pertempuran mereka tidak hanya sebatas di perairan Selat Malaka saja, namun juga sampai ke pantai timur Sumatra dan Malaya.
