Dari 25 anak KH Muhammad Siddiq dengan 3 orang istrinya, Kiai Mahfudz Siddiq adalah anak pertama dari istrinya yang bernama Ny Hj Maryam. Ia adalah kakak dari KH Achmad Siddiq, Rais ‘Aam PBNU masa khidmat 1984-1989 dan 1989-1991.

Perkenalannya dengan NU di awali ketika sang ayah (KH Muhammad Siidiq) sering didatangi karib dekatnya, Hadratussyeikh KH Hasyim Asy’ari, Rais Akbar NU kala itu. Mahfudz kecil sering diminta untuk datang dan menyambut Mbah Hasyim. Setelah menginjak dewasa, oleh ayahnya dia dikirim ke Tebuireng untuk mengaji kepada mahaguru terkenal itu.

Keterlibatannya di NU, salah satunya dimulai ketika ia diminta untuk membantu penerbitan NO bernama Soeara NO pada awal tahun 1930-an, yang saat itu dipimpin KH Abdul Wahab Hasbullah. Buletin ini kemudian dikelola bersama KH Abdullah Ubaid, KH Thohir Bakri, dan beberapa nama lain. Keterlibatannya dalam dunia penerbitan itu menjadikannya banyak dikenal orang.