Awalnya, Chudlori tak memberikan nama khusus pada pesantrennya, namun pada tahun 1947, atas saran teman-teman seperjuangannya, ia menamainya dengan Asrama Perguruan Islam (API). Nama itu merupakan hasil istikharahnya. Dengan nama itu, ia berharap santri-santrinya kelak akan jadi api penerang umat dalam kegelapan.
Pada tahun 1947, ketika Belanda melakukan Agresi Militer, Pesantren API menjadi benteng perjuangan mempertahankan kemerdekaan oleh para gerilyawan. Bahkan Chodlori yang kini sudah bergelar kiai, mengizinkan santrinya untuk turut berjuang. Aktivitas belajar-mengajar dihentikan untuk sementara waktu.
Karena perjuangan itu diketahui Belanda, pesantrennya kemudian dibakar habis. Santri, keluarga, dan Kiai Chudlori sendiri mengungsi dari satu desa ke desa lain. Kemudian di tahun 1949, ia kembali ke desanya dan mebangun kembali pesantren. Prmbangunan kali ini, dibantu warga masyarakat yang telah bersimpati pada perjuangannya. Santri pun bertambah banyak. Pada tahun 1977, ia memiliki sekitar 1500 santri. Di tahun tersebut, pesantren API sedang berkembang pesat, tapi di tahun itu pula Kiai Chudlori dipanggil yang Kuasa. (Abdullah Alawi, dari berbagai sumber)
