Selama G30S itu, mahasiswa Indonesia juga diajak untuk turut serta dalam pengajian untuk mendoakan para korban keganasan PKI. Tetapi Soesilo memilih untuk tidak hadir, karena tak ada undangan padanya—meskipun ia mengetahui ada acara itu.
Keabsenan itulah yang diduganya sebagai sumber awal masyarakat mengaitkan dirinya dengan PKI, sehingga paspornya turut dicabut pada 1966. Masalah paspor ini membuatnya harus berusan dengan pihak keimigrasian ketika pulang pada 1973.
"Saya itu naik pesawat terakhir di Kemayoran sebelum dipindahkan ke Cengakreng. Dijemput teman sendiri, diarak kesana-ke sini, kemudian dimasukkan penjara oleh keimigrasian karena alasan paspor," jelasnya.
Meski nuansa label PKI ada padanya, ternyata ia tak ditahan dengan narapidana G30S lainnya karena perkara keimigrasiannya. Padahal ia juga dikenal sebagai adik dari Pramoedya dan Koesala yang dibuang ke Pulau Buru akibat tuduhan PKI.
