Pada 1889, Kiai Haji Ahmad Dahlan menikah dengan Siti Walidah atau nanti akan lebih dikenal dengan nama Nyai Haji Ahmad Dahlan. Siti Walidah merupakan putri Kyai Fadhil Kamaludiningrat seorang penghulu di Kraton Yogyakarta.
Pernikahan Kiai Haji Ahmad Dahlan dan Nyai Haji Ahmad Dahlan dikaruniai enam orang anak, yaitu : Johanah (1890) Siradj Dahlan (1889) Siti Busjro (1903) Siti Aisyah (1905) Irfan Dahlan (1907) Siti Zuharah (1908)
Sepanjang hidup, KH Ahmad Dahlan pernah beberapa kali memiliki istri lainnya, yaitu RAY Soetidjah Windyaningrum atau Nyai Abdullah, Nyai Rum, dan Nyai Aisyah. Tindakan poligami ini ia lakukan dengan tujuan dakwah, yakni atas permintaan pihak keraton, mendekatkan Muhammadiyah dan Nahdlatul Ulama, maupun untuk menghasilkan pendakwah penerusnya.
Pernikahan Kiai Haji Ahmad Dahlan dengan empat istrinya dikaruniai delapan orang putra dan putri. R Dhurie lahir dari Nyai Abdullah, sementara Siti Dandanah anaknya bersama Nyai Aisyah.
