Muhammad Darwis tumbuh dalam keluarga ulama besar yang terpandang di Pulau Jawa. Ayahnya menjabat sebagai khatib di Masjid Gedhe Yogyakarta. Dibesarkan dalam keluarga ulama membuat Darwis mempelajari Islam sejak dini.

Pada usia 8 tahun, ia sudah mampu membaca Al Quran sesuai kaidah ilmu tajwid. Ia bahkan kemudian dikirim untuk menunaikan ibadah haji saat masih berusia 15 tahun pada 1883. Selesai melangsungkan haji, Muhammad Darwis mendapatkan nama baru Haji Ahmad Dahlan.

Nama ini diberikan Imam Syafi’i Sayid Bakri Syatha sesuai tradisi memberikan nama Arab dan gelar Haji untuk menggantikan nama seseorang saat pulang ke Indonesia.