Mengutip IAI An Nur Lampung, ayah Gus Dur, KH Wahid Hasyim, terlibat dalam Gerakan Nasionalis dan menjadi Menteri Agama pada 1949. Ibunya, Hj. Sholehah, adalah putri pendiri Pondok Pesantren Denanyar Jombang.

Setelah deklarasi kemerdekaan Indonesia tanggal 17 Agustus 1945, Gus Dur kembali ke Jombang. Ia tetap berada di sana selama perang kemerdekaan Indonesia melawan Belanda.

Pada 1957, setelah lulus SMP, Gus Dur pindah ke Magelang untuk belajar di Pesantren Tegalrejo. Ia mendapat reputasi sebagai murid berbakat.

Gus Dur menyelesaikan pendidikan pesantren dalam waktu dua tahun. Yang mana seharusnya ditempuh selama empat tahun.