Beberapa sumber memiliki versi yang berbeda, soal letak makam Sunan Bonang. Ada beberapa sumber yang menyatakan bahwa makam Sunan Bonang terdapat di Tuban, ada pula sumber yang menyatakan, makamnya berada di, Lasem, Rembang. Versi yang lain juga menyatakan bahwa makam Sunan Bonang ada di Pulau Bawean, atau ada pula yang menyatakan makamnya berada di Madura.

Namun pendapat yang paling kuat adalah makam Sunan Bonang berada di Tuban, sebagaimana yang dilansir dari iainutuban.ac.id, bahwa pemakaman Sunan Bonang berada di Tuban yaitu di area Masjid Jami' Tuban, Jawa Timur. Masyarakat sering berziarah ke makam tersebut.

Perihal silsilah Sunan Bonang, Agus Sunyoto dalam bukunya berjudul Atlas Wali Songo (2016), menjelaskan Sunan Bonang merupakan putra dari Raden Ahmad Rahmatillah (Sunan Ampel) dengan Nyai Ageng Manila, putri Bupati Tuban, Arya Teja.