Setelah delapan tahun di Tremas, Kiai Ali kembali ke Lasem untuk mengembangkan ilmunya di pondok yang di asuh ayahnya. Namun, sebelum kembali ke Lasem ia telah menyerahkan amanah selama di Tremas kepada keluarga kiai dan pengurus pondok. Madrasah yang telah dirintisnya diserahkan kepada KH. Hamid Dimyati sebagai direktur, dan Mukti Ali sebagai wakil direktur. Mukti Ali kelak menjadi Menteri Agama Republik Indonesia (1971-1978 M).

Kesuksesan Kiai Ali dalam sistem pendidikan Pesantren Tremas barangkali menjadi ciri khas perhatian Kiai Ali terhadap sistem pendidikan pesantren di Krapyak. Selama Kiai Ali mengasuh pesantren Krapyak, tercatat beberapa pendidikan madrasah telah beliau didirikan. Mulai dari madrasah diniyah pesantren hingga lembaga pendidikan modern. Hingga kini pendidikan berbasis madrasi yang diwariskan Kiai Ali Maksum Krapyak terus tumbuh dan berkembang pesat. Melahirkan generasi yang terus mengisi bidang-bidang strategis di negeri ini.

Haul 33 KH. Ali Maksum semoga menjadi refleksi santri Krapyak khususnya, juga masyarakat luas untuk terus meneladani dan menggali ‘pemikiran-pemikiran’ KH. Ali Maksum yang selalu relevan dengan zaman.