Kiai Dahlan lahir pada 1 Agustus 1868 M dari pasangan KH Abu Bakar dan Nyai Siti Aminah. Ia memiliki nama kecil yang bernama Muhammad Darwis.

Ia lahir di Kauman, Yogyakarta dan wafat pada 23 Februari 1923 M, dimakamkan Karangkajen, Yogyakarta.

Di balik ketenaran namanya, tidak banyak orang yang tahu bahwa Kiai Dahlan masih memiliki trah darah dengan Syekh Maulana Malik Ibrahim (Sunan Gresik).