Walau begitu, Affandi sempat mendirikan sendiri meseum dengan menggunakan biaya dari hasil penjualan lukisan-lukisan yang dia buat. Museum Affandi ini terletak di Daerah Istimewa Yogyakarta.
Galeri yang dia bangun berhasil diselesaikan pada tahun 1962 yang kemudian diresmikan pada tahun 1974 oleh Direktur Kebudayaan Umum Prof Ida Bagus Mantra. Lukisan ini di galeri I ini menggambarkan awal karirnya hingga selesai.
Pembangunan Galeri II dibantu orang Pemerintah Indonesia yang diresmikan tanggal 9 Juni 1988 oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Prof Dr Fuad Hassan. Di galer ini terdapat lukisan teman-temannya, seperti Popo Iskandar, Basuki Abdullah, dan lain-lain.
Dua tahun setelah Galeri II diresmikan, Affandi kemudian menghembuskan nafas terakhirnya, tepatnya tanggal 23 Mei 1990. Dengan adanya museum ini, karya dan jejak tintanya masih abadi dalam ingatan dunia lukis Indonesia.
