Karena kondisi perang yang berkepanjangan, sultan mengusulkan kepada Jenderal Sudirman untuk melancarkan sebuah serangan agar dunia tahu bahwa Republik Indonesia masih ada. Seteah itu, Sri Sultan Hamengkubuwono IX mengadakan pertemuan rahasia dengan Letkol Soeharto guna merencanakan serangan, yang kemudian dikenal dengan peristiwa Serangan Umum 1 Maret. Usai serangan, sultan sempat menduga bahwa dirinya pasti dilengserkan dan ditangkap oleh Belanda. Namun, ia selamat setelah dilindungi oleh Jenderal Meijer, Komandan Jenderal Jawa Tengah. 

Bapak Pramuka Indonesia Menjelang 1960-an, Sri Sultan Hamengkubuwono IX, yang telah aktif dalam kegiatan kepanduan sejak muda, menjadi Pandu Agung atau pemimpin kepanduan. Pada 1961, ketika banyak organisasi kepanduan akan dijadikan dalam satu wadah, Soekarno kerap berkonsultasi kepada sultan. Akhirnya, pada 9 Maret 1961, Soekarno membentuk Panitia Pembentukan Gerakan Pramuka, di mana Sri Sultan Hamengkubuwono IX menjadi salah satu pengurusnya. Pada 14 Agustus 1961, dilakukan penganugerahan panji kepramukaan, yang kemudian diperingati sebagai Hari Pramuka. Setelah itu, Sri Sultan Hamengkubuwono IX menjabat sebagai Ketua Kwartir Nasional Gerakan Pramuka selama empat periode berturut-turut, yakni 1961-1963, 1963-1967, 1967-1970 dan 1970-1974. Sri Sultan Hamengkubuwono IX kemudian dikenal sebagai Bapak Pramuka Indonesia, yang pernah menjabat sebagai Wakil Presiden Indonesia kedua periode 1973-1978.