Kemudian, Hamengkubuwono II juga merestui pemberontakan yang dilakukan menantunya, Raden Rangga Prawiradirjo III, bupati wedana Madiun. Kala itu, Rangga menentang pemanggilan dirinya ke Bogor akibat kasus kerusuhan di Ngebel dan Sekedok, berkaitan dengan pemaksaan penyerahan hak pengelolaan hutan kesultanan oleh Daendels. Belanda pun menumpas pemberontakan Raden Ronggo dengan pasukan gabungan antara Belanda, Surakarta, dan Yogyakarta.
Dari sini, Daendels semakin mencurigai peran Hamengkubuwana II di balik gerakan Raden Rangga, terutama setelah ditemukan surat dari jasad Raden Rangga dengan cap berlogo kesultanan. Keributan pun terjadi antara kedua belah pihak. Sultan dengan tegas menolak tuduhan yang dilontarkan terkait surat tersebut.
Bulan Desember 1810, Herman Daendels menyerang Yogyakarta, menurunkan Hamengkubuwana II, dan menggantikan posisinya dengan putranya, GRM Suraja. Daendels juga menangkap Pangeran Natakusuma serta menarik kembali Patih Danureja II untuk bertugas. Periode Kedua Pada 1811, pemerintahan Belanda atas Jawa dan Nusantara direbut oleh Inggris. Kondisi ini kemudian dimanfaatkan oleh Hamengkubuwono II untuk kembali menjabat sebagai raja dan menurunkan putranya, Hamengkubuwana III.
Sewaktu Inggris berkuasa, hampir terjadi pertumpahan darah antara utusan Kepala Pemerintahan Inggris Raffles, dengan kerabat keraton di depan Sultan. Pertumpahan hampir terjadi hanya karena kursi untuk Raffles diletakkan lebih rendah dari singgasana Sultan ketika Raffles berkunjung ke Yogyakarta pada Desember 1811. Pada akhirnya, pertempuran di antara keduanya benar terjadi saat sura tantara Pakubuwana IV dan Hamengkubuwono II terbongkar oleh Inggris. Oleh sebab itu, tanggal 19 Juni 1812, pasukan Inggris dibantu Mangkunegaran menyerbu Yogyakarta. Dalam pertempuran ini, Hamengkubuwono II mengalami kekalahan, ia ditangkap dan dibuang ke Pulau Penang. Hamengkubuwono III kembali diangkat sebagai raja Yogyakarta.
