Oleh sebab itu, ibu kota baru kerajaan ini diberi nama Ngayogyakarta Hadiningrat atau disingkat Yogyakarta. Sejak 7 Oktober 1756, Hamengkubuwana I pindah dari Desa Banaran menuju Yogyakarta. Hamengkubuwana I memerintah sejak 13 Februari 1755 sampai akhir hidupnya, 24 Maret 1792. Jasadnya dikebumikan di Astana Kasuwargan, Pajimatan Imogiri.  Kedudukannya pun digantikan oleh putranya Gusti Raden Mas Sundara yang bergelar Hamengkubuwana II.

Berkat kegigihannya dalam melawan VOC, akhirnya pada 3 November 2006, Hamengkubuwana I dinobatkan sebagai Pahlawan nasional oleh pemerintah Republik Indonesia.

Peninggalan Peninggalan Hamengkubuwono I bagi Yogyakarta sangatlah besar.  Beliau mencetuskan Watak Satriya seperti Nyawiji (konsentrasi total), greget (semangat jiwa), sengguh (percaya diri), dan ora mingguh (penuh tanggung jawab).  Konsep leluhur ini kemudian dijadikan credo atau prinsip bagi para Prajurit Kraton, Abdi Dalem, dan gerakan tari yang disebut Joged Mataram.  Dalam bidang seni, Sultan Hamengkubuwono I meninggalkan beberapa karya, seperti Beksan Lawung, Tarian Wayang Wong Lakon Gondowerdaya, Tarian Eteng, dan seni Wayang Purwo.