Sosoknya juga sering disamakan dengan tokoh ulama lain yang bernama Syekh Maghribi sehingga banyak asumsi yang menyebut Maulana Malik Ibrahim berasal dari daerah Maghrib, Maroko.

Ada pula yang menyamakan tokoh ini dengan Syekh Ibrahim Asmarakandi ayah dari Sunan Ampel. Namun sejarawan Agus Sunyoto menolaknya dan mengungkap bahwa dua sosok ini memiliki perbedaan.

Salah satunya dari periode kedatangan ke tanah Jawa. Maulana Malik Ibrahim datang lebih awal yakni pada tahun 1392 Masehi, sedangkan syekh Ibrahim Asmarakandi pada tahun 1440 Masehi yang bertentangan dengan tahun wafatnya Sunan Gresik yakni 1419 Masehi.