Keberadaan Syekh Siti Jenar masih diragukan hingga saat ini. Sebagian orang masih menganggapnya sebagai tokoh fiksi yang hanya berada pada serat-serat kuno. Apalagi sosoknya diceritakan bersama dengan mitos-mitos.
Misalnya saja kisahnya yang dihubung-hubungkan dengan al-Husain ibnu Mansur al-Hallaj atau lebih dikenal sebagai Al-Hallaj, sufi Persia abad ke 10 yang ajarannya mirip dengan Syekh Siti Jenar.
Dirinya memohon dibunuh agar tubuhnya tidak menjadi penghalang penyatuannya kembali kepada Tuhan. Al-Hallaj menjalani hukuman matinya pada 922 Masehi di Baghdad karena mengucapkan kalimat “Akulah Kenyataan Tertinggi”.
Kemudian satu hal yang menyebabkan asumsi ini adalah teks-teks kuno yang dijadikan sumber acuan untuk membangun ulang sejarah kehidupan Syekh Siti Jenar mengandung ketidaklogisan dan ketidaksamaan alur cerita.
Teks-teks tersebut antara lain yaitu Babad Cirebon, Babad Tanah Jawi, Serat Syekh Siti Jenar, Serat Centhini dan masih banyak lagi. Apalagi beberapa narasi dalam teks itu seperti menyudutkan Wali Songo dalam eksekusi Syekh Siti Jenar.
