Dewan Wali menuduh bahwa Syekh Siti Jenar menganggap dirinya sebagai Tuhan itu sendiri. Hal ini menjadi tuduhan yang paling tendensius dan juga jadi alasan memvonis mati Syekh Siti Jenar.

Persidangan kasus Syekh Siti Jenar ini dipimpin oleh Sunan Gunung Jati sebagai hakim selaku Sultan Cirebon. Posisi eksekutor atau algojo dipegang oleh Sunan Kudus. Setelah terjadi perdebatan, Syekh Siti Jenar tidak mau mengikuti paham yang ditetapkan Sultan Demak.

Karena itu, hukuman mati akhirnya dijatuhkan kepada Syekh Siti Jenar dengan keris Kantanaga milik Sunan Gunung Jati. Sunan Kudus mengeksekusi Syekh Siti Jenar. Maka wafatlah Syekh Siti Jenar pada tahun 923 H/1506 Masehi dalam versi Babad Cirebon.