Sebagai pusat penyebaran paham spiritualnya, Syekh Siti Jenar kemudian mendirikan padepokan khusus di luar Giri Amparan Jati, yang diberi nama Dukuh Lemahabang. Karena itulah, dia dikenal dengan nama yang sama.
Pada masa-masa awal di Cirebon Syekh Siti Jenar bertemu dengan Sunan Bonang dan Raden Sunan Kalijaga. Perkenalan mereka diawali dengan memperkenalkan asal-usul masing-masing dan berbagi ilmu keagamaan meskipun mazhab sufi mereka berbeda.
Dari Sunan Bonang, Syekh Siti Jenar beroleh wawasan rohani, juga dengan Sunan Giri di Giri Gajah Gresik. Akan tetapi saat berbagi ilmu kerohanian dengan para wali, Syekh Siti Jenar sempat dicurigai sebagai pemilik ilmu sihir.
Syekh Siti Jenar mengajarkan sasahidan serta ilmu ma’rifat dan hakikat dalam bentuk sufisme wujudiyah. Bagi Wali Songo ini sangat membahayakan, sebab ilmu kasampurnaan itu tidak patut diajarkan secara umum, karena masyarakat akan salah paham.
Bagi Wali Songo ilmu kasampurnaan adalah ilmu khash, ilmu tua, berupa ilmu rahasia untuk kalangan tertentu. Sedangkan bagi Syekh Siti Jenar semua orang dari golongan manapun berhak memperoleh pengajaran ilmu yang sama.
