Hasri Ainun menderita kanker ovarium dan pada tanggal 24 Maret 2010, Hasri Ainun Habibie masuk ke rumah sakit Ludwig-Maximilians-Universität, Klinikum Grosshadern, München, Jerman dan telah menjalani sembilan kali operasi. Empat dari sembilan operasi tersebut merupakan operasi utama sedangkan sisanya merupakan eksplorasi.

Pada tanggal 22 Mei 2010 pukul 17.35 waktu München, Jerman, Ainun meninggal dunia setelah melewati masa kritis sekitar 1 hari di mana hidupnya ditopang oleh alat. Jenazah Hasri Ainun Habibie diberangkatkan tanggal 24 Mei 2010 dari Jerman dan tiba di Jakarta pada tanggal 25 Mei 2010 kemudian dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata hari itu juga.

Kini Ainum Habibie tak lagi sendiri di tempat peristahatan terakhir. B.J Habibie, sang suami tercinta kini sudah berada disampingnya. B.J Habibie wafat di Rumah Sakit Pusat Angkatan Darat (RSPAD) Gatot Soebroto, Jakarta, Rabu 11 September 2019. Ia dikebumikan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta Selatan esok harinya tepat di samping istirinya Ibu Ainum sesuai wasiat beliau  (12/9/2019) (int)