Ainun sempat mengenyam pendidikan kedokteran di Universitas Indonesia dan meraih gelar dokter tahun 1961. Kemudian, Ainun bekerja di RS Cipto Mangunkusumo (RSCM) di kawasan Salemba, Jakarta Pusat. Dia tinggal di asrama belakang rumah sakit, tepatnya Jalan Kimia.
Ketika menikah dengan Habibie, Ainun dihadapkan dengan dua pilihan, memilih untuk tetap bekerja di rumah sakit atau berperan serta berkarya di belakang layar sebagai istri dan ibu rumah tangga.
Setelah berdiskusi dengan Habibie, Ainun pun akhirnya memilih opsi yang kedua. Karena cuti bekerjanya habis, Habibie harus kembali ke Jerman. Pun, dia harus melanjutkan pendidikan gelar Doktor kala itu. Ainun harus menyelesaikan tugasnya di RSCM dan ikut suaminya ke negeri Nazi.
Ainun mendadak jadi ibu rumah tangga saat tinggal di Jerman. Dia sangat setia menemani suaminya itu meski tergolong hidup pas-pasan. Ainun juga berusaha tidak mengganggu hidup suaminya. Dari buah pernikahannya itu, mereka dikaruniai dua anak, Ilham Akbar Habibie dan Thareq Kemal Habibie. Kedua anak lelakinya itu juga memberikan enam cucu yang tumbuh dewasa saat ini.
