Wanita ayu ini tinggal di Bandung dan sekolah di SLTA yang sama dengan Habibie. Benih-benih cintanya muncul kala itu cuma karena dijodoh-jodohkan oleh teman sekelasnya.
Tiada yang mengira, Habibie mempersunting gadis Ainun ketika pulang menyelesaikan studi di Jerman. Lelaki yang dikenal pintar membuat pesawat terbang itu melamar Ainun ketika menjelang lebaran tahun 1962.
Mereka akhinya menikah pada tanggal 12 Mei 1962 di Rangga Malela, Bandung. Akad nikah Habibie dan Ainun digelar secara adat dan budaya Jawa, sedangkan resepsi pernikahan digelar keesokan harinya dengan adat dan budaya Gorontalo di Hotel Preanger. Adapun keluarga besar B.J. Habibie berasal dari Kabila, sebuah kecamatan di Provinsi Gorontalo.
Dari pernikahan tersebut, Habibie dan Ainun dikaruniai dua orang putra, yaitu Ilham Akbar Habibie dan Thareq Kemal Habibie, serta mendapatkan 6 orang cucu.
