Akan tetapi, sambutan yang dirinya terima itu jauh dari kesan ramah. Bahkan sepulangnya dari daerah tersebut, sebuah surat ancaman sampai ke rumahnya. Isi surat itu sebagai berikut:

“Hai ulama palsu yang busuk! Datanglah kemari sekali lagi, kalau memang benar ajakanmu itu. Kami akan menyambut kedatanganmu dengan belati tajam dan golok besar, biar engkau pulang menjadi bangkai. Bawalah istrimu sekali supaya dapat kami selesaikan pula.”

Kiai Dahlan dikenal sebagai ulama yang pandai memanfaatkan kesempatan untuk berdakwah. Ketika ada kesempatam berdakwah, akan dia gunakan sekalipun dalam organisasi maupun masyarakat umum.

Salah satu ide yang cukup menggemparkan warga Kauman adalah pelurusan arah kiblat agar ketika salat tepat menghadap ke arah Kakbah. Sebab sudah menjadi umum kebiasaan masjid-masjid di Yogyakarta mengarahkan kiblat salat sesuai selera mereka.