Kesederhaan dan juga kejujurannya itu juga terekam pula ketika dia mengundurkan diri dari jabatan PM tahun 1951. Sekretarisnya, Maria Ulfa, ketika itu menyodorkan sisa dana taktis. Saldonya lumayan banyak dan merupakan hak dari seorang PM. Tetapi pria yang meninggal pada 6 Februari 1993 menggelengkan kepalanya.
Akhirnya dana itu dialihkan kepada koperasi karyawan tanpa sepeser pun mampir ke kantung Natsir. Bukan hanya itu, dirinya juga langsung meninggalkan mobil dinasnya di Istana Presiden. Ketika dia mengembalikan mandat PM, Natsir pulang berboncengan sepeda dengan supirnya.
Padahal Natsir menolak sisa dana taktis ini bukan karena dia memiliki uang yang berlebih. Bahkan menurut Amien Rais, Natsir sering tidak memegang uang. Ketika itu Amien masih menjadi seorang mahasiswa dan sering mendengar kisah Khusni Muis yang jadi Ketua Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Kalimantan Barat.
Khusni ketika itu datang ke Jakarta untuk urusan partai. Muhammadiyah memang menjadi anggota istimewa Masyumi. Ketika hendak pulang ke Banjarmasin, Khusni datang untuk mampir ke rumah Natsir dan meminjam uang untuk ongkos pulang.
