2. Universitas Negeri Yogyakarta

Universitas yang awalnya merupakan Institut keguruan dan ilmu pendidikan ini berlokasi di Kabupaten Sleman, tepatnya di Caturtunggal. UNY memiliki 133 program studi dengan 7 fakultas dan 1 program pascasarjana dengan program pendidikan D4, S1, S2, S3, dan profesi.

Fakultas yang tersedia adalah

Fakultas Ilmu Pendidikan

Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Fakultas Bahasa dan seni

Fakultas Ilmu Sosial

Fakultas Teknik

Fakultas Ilmu Keolahragaan

Fakultas Ekonomi

3. UIN Sunan Kalijaga

UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta merupakan PTAIN pertama di Indonesia yang berganti nama pada tahun 2004. Berlokasi di Jl. Laksda Adisucipto, Yogyakarta dan mempunyai 8 fakultas dengan 41 program studi S1, 13 prodi magister, dan 2 prodi doktor.

Fakultas yang dimiliki oleh UIN SUKA ini adalah :

Fakultas Adab dan Ilmu Budaya

Fakultas Dakwah dan Komunikasi

Fakultas Syariah dan Hukum

Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan

Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam

Fakultas Sains dan Teknologi

Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora

Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam