PKPPS, kata Waryono, mempunyai misi mempersiapkan santri menjadi ulama atau mubaligh (penyampai agama) yang intelek di masyarakat. Selain mempertahankan kitab kuning dan metode pengkajiannya secara tradisional dalam wadah Pondok Pesantren Salafiyah (PPS), PKPPS juga membekali santri dengan ilmu pengetahuan umum yang memadai. 

“Terobosan yang dilakukan oleh PKPPS adalah menerapkan pembelajaran yang variatif, inovatif, dan kontekstual, sehingga capaian pembelajaran dapat dicapai walaupun diterapkan jadwal yang ketat untuk memenuhi standar ilmu keagamaan Islamnya,” tuturnya. 

“Kami berharap, lulusan PKPPS juga dapat menjadi ahli hukum, ahli ekonomi, insinyur, desainer, guru, dokter, perawat, teknisi, dan sebagainya. Mereka juga ahli dakwah, sumber rujukan ilmu agama Islam yang dibutuhkan masyarakat sekitarnya,” sambungnya.  

Kasubdit Pendidikan Kesetaraan Rachmawati menambabhkan, data yang sudah terkumpul di Direktorat PD Pontren, para santri yang lulus kuliah di perguruan tinggi berasal dari PKPPS Minhajushobirin dan Minhajurosyidin dari DKI Jakarta, Sya’airullah (Jawa Barat), Mansyaul Ulum (Kalimantan Barat), Raudhatul Ilmi (Sulewesi Tengah), Al Wafa (Kalimantan Tengah), Raudhatul Ulum (Sumatera Utara), Al Muflihun (Jawa Timur).