Berbeda dengan kampus negeri pada umumnya yang berada di bawah payung Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi (Kemendikbud), UIN sendiri berdiri di bawah naungan Kementerian Agama (Kemenag).

Karena di bawah payung Kemenag, maka terdapat berbagai perbedaan mulai dari seleksi jalur masuk, kurikulum, hingga syarat kelulusan mahasiswanya.

Tidak banyak lembaga pemeringkatan yang concern merilis data peringkat kampus UIN, 2 yang cukup konsisten ialah Webometrics dan Kemenag. Namun, Webometrics dinilai lebih update karena melakukan pemeringkatan hingga 2 kali dalam setahun.