Beberapa orang mungkin alergi terhadap pepaya, yang menyebabkan gejala seperti gatal-gatal, bengkak, atau kesulitan bernapas. Selain itu, mengonsumsi pepaya dalam jumlah banyak dapat menyebabkan ketidaknyamanan pencernaan, seperti diare atau kram perut.

Pepaya juga dapat mengganggu obat-obatan tertentu, terutama antikoagulan dan obat-obatan yang dimetabolisme oleh hati. (int)