Meski proses pembuatan Bika Ambon terbilang rumit dan panjang, namun bahan baku yang digunakan untuk membuat Bika Ambon sebenarnya sangat sederhana dan mudah didapat. Bahan yang dibutuhkan hanya tepung sagu, tepung terigu, air kelapa, ragi, santan, telur, gula pasir dan vanili. Jika ingin rasa yang berbeda, bisa ditambahkan ekstrak  perasa di dalamnya.

Bika Ambon dibuat dengan cara merebus santan dengan jeruk nipis dan daun pandan. Setelah santan dingin, masukkan bahan-bahan seperti telur, tepung terigu, gula dan jus satu per satu. Bahan tersebut diaduk hingga merata, lalu didiamkan beberapa jam hingga mengendap. Setelah itu masukkan adonan ke dalam oven dengan api sedang dan tunggu hingga kue matang.

Jika ingin membuat atau membeli Bika Ambon sebagai oleh-oleh, perlu diketahui bahwa Bika Ambon hanya bertahan selama 3-4 hari karena tidak menggunakan bahan pengawet. Jika menggunakan bahan pengawet, tekstur kue tidak akan lembek dan mudah mengeras. Karena itu, Bika Ambon tergolong kue tradisional yang cukup sulit ditemukan karena cepat habis dan tidak dibuat dalam jumlah banyak.

Sekarang varian rasa Bika Ambon semakin berkembang. Selain Bika Ambon dengan warna kuning yang mengeluarkan aroma kelapa yang kuat, kini terdapat pula Bika Ambon dengan rasa yang lebih variatif, seperti nangka, durian, keju cokelat, pandan dan moka.