Dalam perjalanannya, ada banyak tantangan. "Misalnya kemarin itu kami membahas masalah disaster risk management, dari yang fisik seperti antisipasi kebakaran dan gempa itu bagaimana. Belum lagi barang yang ada di kraton, pengamanan arsitektur bangunan, memastikan tidak over crowded yang bisa mengancam bangunan, sampai bagaimana pengamanan data digital, ini sangat rigid," kata Penghageng Tepas Tandha Yekti Kraton Ngayogyakarta Hadiningrat Gusti Kanjeng Ratu (GKR) Hayu dalam wawancara dengan Harianjogja.com, Jumat (20/9/2024).

Aspek Sumbu Filosofi tidak hanya bangunan arsitektur fisik, tetapi juga vegetasi. Karena dalam vegetasi tersebut terselip makna penting kehidupan manusia yang tetap harus dijaga. Kraton yang memiliki peran penting harus memastikan bahwa vegetasi yang ada di Sumbu Filosofi sesuai dengan ketentuan ketika dibangun pertama kali oleh Sri Sultan Hamengu Buwono I. 

Hal ini pun menjadi tantangan tersendiri karena pernah ditemui pula ada masyarakat yang mungkin belum paham. Mereka mengganti vegetasi di sepanjang Sumbu Filosofi tersebut tidak sesuai ketentuan.

"Contoh lain ketika pohon beringin roboh, tidak bisa diganti dengan asal atau sembarang pohon beringin. Tetapi harus diambilkan dari putranya [perkembangbiakan/pembibitan] dari pohon beringin di dalam di Alun-Alun Utara. Jadi kami harus memastikan itu beringin mutrani-nya [hasil pembibitan dari benih utama] di mana, proses vegetasinya, filosofinya. Itu belum tata ruangnya," katanya.