Masjid yang merupakan  salah satu masjid pertama di Jawa yang memakai kubah. Masjid ini sempat mengalami beberapa kali renovasi. Renovasi pertama kali dilakukan tahun 1894, yakni

pada masa pemerintahan Raden Toemengoeng Koesoemodiko (Bupati ke-35 Tuban). 

Saat itu Raden Toemengoeng Koesoemodiko menggunakan jasa arsitek berkebangsaan Belanda, BOHM Toxopeus. Sebagaimana disebutkan dalam prasasti yang ada di depan masjid ini yang berbunyi :

“Batoe yang pertama dari inie missigit dipasang pada hari Akad tanggal 29 Djuli 1894 oleh R. Toemengoeng Koesoemodiko Boepati Toeban. Inie missigit terbikin oleh Toewan Opzicter B.O.H.M. Toxopeus"