Syaikhona Kholil merupakan anak dari KH. Abdul Lathif yang masih memiliki hubungan dengan Sunan Gunung Jati. Abdul Lathif merupakan anak dari seorang Kyai yang bernama Hamim, keturunan dari Kiai Abdul Karim. Dari sini bisa disimpulkan, bahwa Syaikhona Kholil berasal dari keluarga ulama. Karena latar belakang keluarganya ini, Syaikhona Kholil sangat tertarik untuk mempelajari ilmu agama lebih dalam. Saat kecil, Syaikhona Kholil mampu menghafal seribu bait dari nadzom Alfiyah Ibnu Malik.
Dilansir melalui Darul Amanah, Syaikhona Kholil menimba ilmu tentang keagamaan melalui pesantren dan jazirah Arab. Selama hidupnya, Syaikhona Kholil berguru kepada Tuan Guru Agung atau yang dikenal dengan Bhujuk Agung. Selama menimba ilmu, beliau tidak hanya diberi pelajaran secara teori, maupun secara praktek juga.
Pesantren yang ada di Bangkalan dikenal dengan metode pembelajaran yang unik. Karena tidak perlu selalu dilakukan di pesantren. Pembelajaran mengenai agama bisa dilakukan saat sedang berjalan mengelilingi kota, saat sedang bersantai di bawah pohon, ataupun di pinggir sungai. Syaikhona Kholil hingga saat ini sering disebut sebagai bapak pesantren Indonesia.
