Para ahli menduga bangunan tersebut ditinggalkan pemeluknya karena letusan Gunung Kelud. Memang benar Gunung Kelud dalam kurun waktu 1000 tahun terakhir telah memuntahkan lahar sebanyak 33 kali. Akan tetapi, terdapat dugaan lain bahwa Candi Panataran ditinggalkan pemeluknya seiring runtuhnya Majapahit.
Dugaan kedua Candi Panataran ditinggalkan pemeluknya menarik untuk diulas. Serat Kanda menyebutkan keruntuhan Majapahit terjadi pada tahun 1400 Saka atau 1478 Masehi yang ditandai dengan sengkalan sirna ilang kertaning bhumi (sirna hilang ditelan bumi). Arkeolog Hasan Djafar membantah berita tersebut dalam tulisannya tentang Raja Girindrawarddhana Dyah Ranawijaya.
Menurutnya, Majapahit masih berdiri hingga tahun 1486 berdasarkan temuan prasasti Waringin Pitu (1447 M), prasasti Petak, dan prasasti Jiyu (1486 M). Bahkan, sang raja kemudian memindahkan keraton Majapahit ke Daha, wilayah Kediri saat ini.
Perpindahan keraton ke wilayah Kediri seharusnya membuat perhatian Raja Ranawijaya terhadap kelangsungan Candi Panataran besar. Namun, kenyataannya berbanding terbalik. Sang raja sibuk mengurus konflik perebutan tahta hingga mengabaikan Candi Panataran.
