Di sebelah barat, terdapat tempat ibadah yang dinamakan mihrab. Kemudian, di sudut utara dan selatan bagian belakang, terdapat bangunan tinggi mirip gardu panjang. Dulu, itu digunakan untuk mengintai musuh dari ketinggian. Lalu, di sebelah utara gerbang masuk, terdapat makam keluarga Trah Prawiropermaden. Di bagian belakang situs ini tercantum dua papan informasi tentang sejarah Rejowinangun dan panduan berwisata di Warungboto, dikutip dari Kelurahan Warungboto.

Usia bangunan yang sudah sangat tua, menyebabkan beberapa bagian mengalami kerusakan. Gempa 2006 memperparah kondisi bangunan Warungboto, sehingga tidak begitu jelas bentuk aslinya, bahkan ada yang runtuh. Pada 2015 hingga Desember 2016, Warungboto pun direvitalisasi. Setelah selesai, tempat ini menerima banyak pengunjung dan menjadi destinasi wisata sejarah di Yogyakarta sampai sekarang.

Untuk masuk ke Warungboto, pengunjung tidak dipungut biaya. Namun, ada beberapa aturan yang harus dipatuhi, seperti tidak boleh memakai sepatu hak tinggi, vandalisme, dan harus menjaga kebersihan cagar budaya ini, dikutip dari Dinas Pariwisata Yogyakarta. (int)