Pesanggrahan Warungboto dibangun di dua sisi menghadap ke Sungai Wong. Di sebelah timur terdapat Gapura Manuk Beri, taman, kolam, dan segaran. Sementara di barat, terdapat komplek bangunan berkamar serta dua kolam pemandian. Kolam pertama berbentuk lingkaran, di bagian tengahnya ada pancuran (umbul) dari mata air yang sangat jernih, terhubung ke kolam persegi panjang yang lebih besar.

Mata air itulah yang disebut Tuk. Air yang keluar kemudian ditampung di kolam dan digunakan sebagai pemandian bagi raja dan keluarganya. Namun, seiring waktu, bangunan Warungboto di sisi timur hilang hampir tak berbekas, tergusur oleh pemukiman penduduk dan menyisakan bangunan sisi barat. Kolam Warungboto pun sekarang sudah kering karena air dari tuk tidak mengalir lagi.

Arsitektur Warungboto bergaya klasik nan megah khas bangunan kerajaan Jogjakarta. Pembangunnannya hanya menggunakan batu bata, tanpa kayu. Dindingnya cukup kokoh dan sangat tebal, ditemani lorong-lorong, pintu, dan jendela beratap lengkung. Selain itu, bangunan ini terbagi beberapa ruangan, di antaranya: kamar tidur dan tempat ganti pakaian.